学习经历

2010.09 – 2015.12 武汉大学，微生物学，博士

2006.09 – 2010.06 西北农林科技大学，生物科学，学士

主要工作经历与任职情况

2024.06至今 武汉大学生命科学学院，教授

2022.11 – 2023.10 巴黎综合理工学院，博士后

2016.05 – 2021.12 法国巴斯德研究所，博士后

主要科研奖励和个人荣誉

2022年，入选国家高层次人才计划青年项目（海外）

2019年，法国Pasteur-Roux-Cantarini Fellowship博士后项目获得者

主要研究领域及兴趣

　　我们课题组的研究兴趣是微生物病毒的多样性和演化，病毒与宿主相互作用及与宿主的共演化。古菌病毒以丰富多样的形态闻名，其广泛分布于各种环境，从地球的极端环境（热泉、盐湖等）到温和的土壤和海洋，以及人体肠道，然而我们对这类病毒的认识还极为有限。其宿主—古菌，与细菌同属原核生物，而在系统发育上与真核生物密切相关，被认为是真核生物的祖先。我们以古菌病毒为主要研究对象，综合应用病毒学、遗传学、生物信息学、生物化学、生物物理等技术与方法，开展以下方向的研究：

　　（1）环境中病毒多样性调查。病毒新类群的生物学和演化研究，病毒参与宿主的代谢通路及适应环境机制的研究。

　　（2）古菌病毒与宿主相互作用。与细菌噬菌体不同，许多古菌病毒都有包膜结构，其中一些类似真核囊膜病毒。我们重点研究古菌包膜病毒的感染机制，探索其与真核囊膜病毒感染过程的异同，揭示这类病毒感染的保守过程和核心原理，并理解病毒如何随（不同生命域）宿主适应性共演化。

　　上述研究旨在提升我们对古菌病毒圈的整体认识和理解，推动古菌病毒资源的开发和利用。同时构建古菌生物模型，为真核病毒同源蛋白/保守过程开发有针对性的靶向治疗提供启示。古菌病毒也有望改造成递送疫苗、药物和基因治疗的有效载体。

主持课题项目

国家自然科学基金优秀青年基金（海外），2024–2026，主持

代表性论文（#并列第一作者，*通讯作者）

1. Ying Liu, Mart Krupovic^*. Genome chromatinization in giant double-stranded DNA viruses. Trends in Biochemical Sciences. 2022; 47(1): 3-5.

2.  Ying Liu^#, Tatiana A. Demina^#, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen^*, Mart Krupovic^*. Diversity, taxonomy and evolution of archaeal viruses of the class Caudoviricetes. PLoS Biology. 2021; 19(11): e3001442.

3.  Ying Liu^#, David Brandt^#, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Eugene V. Koonin, Jörn Kalinowski^*, Mart Krupovic^*, David Prangishvili^*. New archaeal viruses discovered by metagenomic analysis of viral communities in enrichment cultures. Environmental Microbiology. 2019; 21(6): 2002-2014.

4.  Fengbin Wang^#, Ying Liu^#, Zhangli Su, Tomasz Osinski, Guilherme A.P. de Oliveira, James F. Conway, Stefan Schouten, Mart Krupovic, David Prangishvili^*, Edward H. Egelman^*. A packing for A-form DNA in an icosahedral virus. Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 2019; 116(45): 22591-22597.

5.  Ying Liu^#, Tomasz Osinski^#, Fengbin Wang^#, Mart Krupovic, Stefan Schouten, Peter Kasson, David Prangishvili^*, Edward H. Egelman^*. Structural conservation in a membrane-enveloped filamentous virus infecting a hyperthermophilic acidophile. Nature Communications. 2018; 9(1): 3360.

6.  Ying Liu, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Gérard Pehau-Arnaudet, Mart Krupovic^*, David Prangishvili^*. A novel type of polyhedral viruses infecting hyperthermophilic archaea. Journal of Virology. 2017; 91(13): e00589-17.

7. Ying Liu, Jiao Wang, Yang Liu, Yuchen Wang, Ziqian Zhang, Hanna M. Oksanen, Dennis H. Bamford, Xiangdong Chen^*. Identification and characterization of SNJ2, the first temperate pleolipovirus integrating into the genome of the SNJ1-lysogenic archaeal strain. Molecular Microbiology. 2015; 98(6): 1002-1020.