学习经历

2009年，四川大学生命科学学院，学士

2015年，北京生命科学研究所/北京师范大学，博士

主要工作经历与任职情况

2015年6月-2018年12月，北京生命科学研究所，博士后

2019年1月-2019年7月，卡内基研究所，博士后

2019年8月-2024年3月，杜克大学，研究助理

2024年4月-至今，武汉大学生命科学学院，教授

主要科研奖励和个人荣誉

2024年，入选武汉大学泰康生命医学中心。

主要研究领域及兴趣

　　基因组的动态变化在生物适应环境变化、进化以及个体发育和疾病的进程中起到关键作用。我们实验室主要关注逆转座子和染色体外环状DNA与基因组的相互作用机制。逆转座子可以通过“粘贴复制”的方式在基因组中跳跃，这通常会造成宿主基因组损伤、遗传突变，导致包括动物不育、神经退行性疾病、癌症和衰老等在内的各种疾病。我们最近发现逆转座子在复制过程中大量形成环状DNA，同时环状DNA也广泛的存在于肿瘤细胞中。在肿瘤细胞中，环状DNA可以作为致癌基因拷贝数扩增的载体，促使肿瘤细胞演化以适应肿瘤微环境的变化，最终导致耐药性和临床预后恶化。我们实验室将综合运用强大的遗传模型、基因编辑技术和先进的测序技术及生物信息学方法来研究环状DNA的生成和维持机制，以及它们在生理和病理过程中的作用。

发表的论文（*通讯作者，#共同第一作者）：

Yang, F.#, Su, W.#, Chung, O.W., Tracy, L., Wang, L., Ramsden, D.A., and Zhang, Z.Z.Z*. (2023). Retrotransposons hijack alt-EJ for DNA replication and eccDNA biogenesis. Nature 620, 218-225. 10.1038/s41586-023-06327-7.

Yang, F.*, Quan, Z., Huang, H., He, M., Liu, X., Cai, T., and Xi, R*. (2019). Ovaries absent links dLsd1 to HP1a for local H3K4 demethylation required for heterochromatic gene silencing. Elife 8. 10.7554/eLife.40806.

Guo, X.#, Yin, C.#, Yang, F.#, Zhang, Y.#, Huang, H., Wang, J., Deng, B., Cai, T., Rao, Y., and Xi, R*. (2019). The Cellular Diversity and Transcription Factor Code of Drosophila Enteroendocrine Cells. Cell Rep 29, 4172-4185 e4175. 10.1016/j.celrep.2019.11.048.

Huang, C.#, Yang, F.#, Zhang, Z.#, Zhang, J., Cai, G., Li, L., Zheng, Y., Chen, S., Xi, R.*, and Zhu, B.* (2017). Mrg15 stimulates Ash1 H3K36 methyltransferase activity and facilitates Ash1 Trithorax group protein function in Drosophila. Nat Commun 8, 1649. 10.1038/s41467-017-01897-3.

Yang, F., and Xi, R. (2017). Silencing transposable elements in the Drosophila germline. Cell Mol Life Sci 74, 435-448. 10.1007/s00018-016-2353-4.

Li, X.#, Yang, F.#, Chen, H., Deng, B., Li, X., and Xi, R*. (2016). Control of germline stem cell differentiation by Polycomb and Trithorax group genes in the niche microenvironment. Development 143, 3449-3458. 10.1242/dev.137638.

Yang, F., Zhao, R., Fang, X., Huang, H., Xuan, Y., Ma, Y., Chen, H., Cai, T., Qi, Y., and Xi, R*. (2015). The RNA surveillance complex Pelo-Hbs1 is required for transposon silencing in the Drosophila germline. EMBO Rep 16, 965-974. 10.15252/embr.201540084.

Wang, L.8, Tracy, L., Su, W., Yang, F., Silverman, N., and Zhang, Z.* (2022). Retrotransposon activation during Drosophila metamorphosis conditions adult antiviral responses. Nature Genetics. 10.1038/s41588-022-01214-9.

Shi, J., Jin, Z., Yu, Y., Zhang, Y., Yang, F., Huang, H., Cai, T., and Xi, R.* (2021). A Progressive Somatic Cell Niche Regulates Germline Cyst Differentiation in the Drosophila Ovary. Curr Biol 31, 840-852 e845. 10.1016/j.cub.2020.11.053.

Li, Z., Guo, X., Huang, H., Wang, C., Yang, F., Zhang, Y., Wang, J., Han, L., Jin, Z., Cai, T., and Xi, R*. (2020). A Switch in Tissue Stem Cell Identity Causes Neuroendocrine Tumors in Drosophila Gut. Cell Rep 33, 108459. 10.1016/j.celrep.2020.108459.

Li, Z., Yang, F., Xuan, Y., Xi, R., and Zhao, R*. (2019). Pelota-interacting G protein Hbs1 is required for spermatogenesis in Drosophila. Sci Rep 9, 3226. 10.1038/s41598-019-39530-6.

Liu, X., Wei, W., Li, X., Shen, P., Ju, D., Wang, Z., Zhang, R., Yang, F., Chen, C., Cao, K., et al. (2017). BMI1 and MEL18 Promote Colitis-Associated Cancer in Mice via REG3B and STAT3. Gastroenterology 153, 1607-1620. 10.1053/j.gastro.2017.07.044.

课题组热忱欢迎感兴趣的学生，将招聘1名细胞生物学或肿瘤生物学背景的博士后、1名生物信息学博士后和若干科研助理。