学习经历

2002-2007　　博士　　　中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室

　　　　　　　　　　　    导师：王大成院士

1998-2002　　学士　　　武汉大学生命科学学院基地班专业

主要工作经历与任职情况

2014-至今　　教授博导　　　　武汉大学生命科学学院病毒学国家重点实验室（国家海外高层次青年人才）  

2008-2013　　研究助理　　　　美国霍华德休斯医学研究所（HHMI）    

　　　　　　　　　　　　　　    导师：John Kappler院士

　　　　　　　　　　　　　　　　　    Philippa Marrack院士　英国皇家学会会员

研究方向

抗原识别及生物医药挖掘

主要研究兴趣及领域

　　抗原分子被受体在单个分子和组学层面的有效精准识别影响并决定了很多疾病的发展和治疗，若机体有效识别外源抗原则产生免疫保护，若脱靶识别自身抗原则造成自体免疫损害，围绕此环节开发的医药分子特异性好，不易干扰作用人体其他通路，产生了许多重要的小分子药物、抗体、T细胞受体（TCR，T Cell Receptor）、CRISPR/Cas基因编辑工具等医药分子，组学层面上多种抗原识别免疫信息更是在感染、肿瘤和免疫类疾病等的预警、指导用药和药效监测上起重要作用。

　　博后师从T细胞受体发现者Philippa Marrack和John Kappler院士，回国后沿着抗原识别为主线，在抗原和TCR/BCR的筛选鉴定、分子互作和结构分析、基于基因编辑的候选医药和小分子候选药物开发等方面建立了多个新的技术平台实验体系，在TCR/BCR组学、单细胞TCR/BCR组学、空间单细胞TCR组学等方面建立优化了多项组学研究新技术，干湿结合深入开展了感染和肿瘤相关的生物医药挖掘。共承担国家重点研发计划课题及子课题2项，国家自然科学基金5项，担任武汉生物物理学会理事长，国家重点研发计划二审专家等。近5年以通讯作者在《Genome Biology》、《PNAS》、《Science Advances》、《Nature communication》、《EClinicalMedicine》、《PLOS Biology》（2篇）、《Molecular Therapy》等专业top杂志上发表系列研究成果。研究工作一篇配发特邀评论文章重点介绍，一篇入选杂志封面并入选ESI高被引论文，开发出多个自主产权的低脱靶Cas12a基因编辑酶、免疫增强新方案和小分子候选药物，共授权发明专利6项，转化1项。

近年来通讯作者论文

1.Chen P, Wu Y, Wang H, Liu H, Zhou J, Lei J, Sun Z, Yin L^*. High-throughput profiling of 23 Cas12a variants activity and specificity. Nat Commun.2024 (in revision)(一区，nature index journals)

2.Chen Q, Pang M, Chen P, Zhou Z, Lei J, He B, Sun Z, Paek C, Jing B, Wu Y, Liu S, Chen Y, Yin L^*. High-Fidelity CRISPR/Cas12a Dual-crRNA Screening Reveals Novel Synergistic Interactions in Hepatocellular Carcinoma. Clinical and Translational Medicine. 2024 (accepted) (一区)

3.Wang H, Zhou J, Lei J, Mo G, Wu Y, Liu H, Pang Z, Du M, Zhou Z, Paek C, Sun Z, Chen Y, Wang Y^*, Chen P^*, Yin L^*. Engineering of a compact, high-fidelity EbCas12a variant that can be packaged with its crRNA into an all-in-one AAV vector delivery system. PLoS Biol. 2024 May 30;22(5):e3002619. （Highlighted with Commentary）（一区，nature index journals）

4.Fang XX, Wei P, Zhao K, Sheng ZC, Song BL^*, Yin L^*, Luo J^*. Fatty acid-binding proteins 3, 7, and 8 bind cholesterol and facilitate its egress from lysosomes. J Cell Biol. 2024 Apr 1;223(4):e202211062.（一区，nature index journals）

5.Chen P, Zhou J, Liu H, Zhou E, He B, Wu Y, Wang H, Sun Z, Paek C, Lei J, Chen Y^*, Zhang X^*, Yin L^*. Engineering of Cas12a nuclease variants with enhanced genome-editing specificity. PLoS Biol. 2024 Mar 14;22(3):e3002514.（一区，nature index journals）

6.Wang Y, Sun Z, Ping J, Tang J, He B, Chang T, Zhou Q, Yuan S, Tang Z, Li X, Lu Y, He R, He X, Liu Z, Yin L^*, Wu N^*. Cell volume controlled by LRRC8A-formed volume-regulated anion channels fine-tunes T cell activation and function. Nat Commun. 2023 Nov 4;14(1):7075. （一区，nature index journals）

7.Zhao W, Lei J, Ke S, Chen Y, Xiao J, Tang Z, Wang L, Ren Y, Alnaggar M, Qiu H, Shi W, Yin L^*, Chen Y^*. Fecal microbiota transplantation plus tislelizumab and fruquintinib in refractory microsatellite stable metastatic colorectal cancer: an open-label, single-arm, phase II trial (RENMIN-215). EClinicalMedicine. 2023 Nov 14;66:102315. （一区）

8.Zhou J, Chen P, Wang H, Liu H, Li Y, Zhang Y, Wu Y, Paek C, Sun Z, Lei J, Yin L^*. Cas12a variants designed for lower genome-wide off-target effect through stringent PAM recognition. Molucular Therapy. 2022，30（1）（一区）

9.Wei P, Jordan K, Buhrman J, Lei J, Deng H, Marrack P, Dai S, Kappler JW^*, Slansky J^*, Yin L^*. Structures suggest an approach for converting weak self-peptide tumor antigens into superagonists for CD8 T cell in cancer. PNAS. 2021 Jun 8;118(23) (一区，nature index journals)

10.Bai P, Zhou Q, Wei P, Bai H, Chan SK, Kappler JW, Marrack P, Yin L^*. Rational discovery of a cancer neoepitope harboring the KRAS G12D driver mutation. Sci China Life Sci. 2021 Dec;64(12):2144-2152（一区）

11.Qu Z, Zhou J, Zhou Y, Xie Y, Jiang Y, Wu J, Luo Z, Liu G, Yin L^*, Zhang XL^*. Mycobacterial EST12 activates a RACK1-NLRP3-gasdermin D pyroptosis immune pathway. Science Advances. 2020 Oct 23;6(43) (一区，nature index journals)

12.Chen P, Zhou J, Wan Y, Liu H, Li Y, Liu Z, Wang H, Lei J, Zhao K, Zhang Y, Wang Y, Zhang X, Yin L^*. A Cas12a ortholog with stringent PAM recognition followed by low off-target editing rates for genome editing. Genome Biology. 2020 Mar 25;21(1):78 (一区)

13.Wei P, Yang Y, Liu Z, Luo Z, Tu W, Han J, Deng Y, Yin L^*. Characterization of Autoantigen Presentation by HLA-C*06:02 in Psoriasis. J Invest Dermatol. 2017 Oct; 137(10):2238-2241 (Highlighted by Commentary in J Invest Dermatol. 2017 Oct; 137:2042-2045) （一区）

14. Sun Z, He B, Yang Z, Huang Y, Duan Z, Yu C, Dan Z, Paek C, Chen P, Zhou J, Lei J, Wang F^*, Liu B^*, Yin L^*. Cost-Effective Whole Transcriptome Sequencing Landscape and Diagnostic Potential Biomarkers in Active Tuberculosis. ACS Infect Dis. 2024 Jun 14;10(6):2318-2332. （二区）

15. Fang J, Lei J, He B, Wu Y, Chen P, Sun Z, Wu N, Huang Y, Wei P, Yin L^*, Chen Y^*. Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis. J Transl Med. 2024 Feb 25;22(1):203. （二区）

16. Lei J, Zhou Z, Fang J, Sun Z, He M, He B, Chen Q, Paek C, Chen P, Zhou J, Wang H, Tang M, Yin L^*, Chen Y^*. Aspirin induces immunogenic cell death and enhances cancer immunotherapy in colorectal cancer. Int Immunopharmacol. 2023 Aug;121:110350（二区）

17.Lei J, Yang Y, Lu Z, Pan H, Fang J, Jing B, Chen Y^*, Yin L^*. Taming metabolic competition via glycolysis inhibition for safe and potent tumor immunotherapy. Biochem Pharmacol. 2022 Aug;202:115153.（二区）

18.Liu Y, Lei J, San D, Yang Y, Paek C, Xia Z, Chen Y^*, Yin L^*. Structural basis for unusual TCR CDR3β usage against an immunodominant HIV-1 Gag protein peptide restricted to an HLA-B*81:01 molecule. Front. Immunol. 2022 Jan 31;13:822210（二区）

19.Yang Y，Bai H, Wu Y, Chen P, Zhou J, Lei J, Ye X, Brown A, Zhou X, Shu T, Chen Y, Wei P*,Yin L*. The Activating receptor KIR2DS2 bound to HLA-C1 reveals the novel recognition features of activating receptor. Immunology. 2022 Mar;165(3):341-354（二区）

20.Liu Y, Wu Y, Liu B, Zhang Y, San D, Chen Y, Zhou Y, Yu L, Zeng H, Zhou Y, Zhou F, Yang H, Yin L^*, Huang Y^*. Biomarkers and Immune Repertoire Metrics Identified by Peripheral Blood Transcriptomic Sequencing Reveal the Pathogenesis of COVID-19. Front Immunol. 2021 Aug 24;12:677025（二区）

21.Bai P^*, Li Y, Zhou Q, Xia J, Wei PC, Deng H, Wu M, Chan SK, Kappler JW, Zhou Y, Tran E, Marrack P, Yin L^*. Immune-based mutation classification enables neoantigen prioritization and immune feature discovery in cancer immunotherapy. Oncoimmunology. 2021 Jan 15;10(1)（二区）

22.Xia J, Bai P, FanW, Li Q, Li Y, Wang D, Yin L^* and Zhou Y^* NEPdb: A Database of T-Cell Experimentally-Validated Neoantigens and Pan-Cancer Predicted Neoepitopes for Cancer Immunotherapy. Front. Immunol. 2021 Apr 13;12:644637（二区）

23.Zhang L, Dong L, Lu C, Huang W, Yang C, Wang Q, Wang Q, Lei R, Sun R, Wan K, Li T, Sun F, Gan T, Lin J^*, Yin L^*. Methylation of SDC2/TFPI2 and Its Diagnostic Value in Colorectal Tumorous Lesions. Front Mol Biosci. 2021 Dec 22;8:706754 （二区）

24.Lei J, Wang HJ, Zhu DM, Wan YB, Yin L^*. Combined effects of avasimibe immunotherapy, doxorubicin chemotherapy and Metal-Organic Frameworks nano-particles on breast cancer. Journal of Cellular Physiology. 2020（二区)

25.Wei P, Song G, Shi M, Zhou Y, Liu Y, Lei J, Chen P, Yin L^*. Substrate analog interaction with MCR-1 offers insight into the rising threat of the plasmid-mediated transferable colistin resistance. FASEB J. 2018 Feb; 32(2):1085-1098 (Cover Story， ESI highly cited) （二区）

已授权发明专利

1. 一种多粘菌素耐药蛋白的小分子抑制剂及其应用 201710931264.2

2. 富马酸二甲酯DMF在调节肿瘤、代谢抑制肿瘤生长方面的应用 202010000918.1

3. 一种鉴定有效肿瘤新抗原的方法 201910153650.2

4. II类V型CRISPR蛋白CeCas12a及其在基因编辑的应用 201911119880.3

5. II类V型CRISPR蛋白BfCas12a及其在基因编辑的应用 201911121003.X

6. 一种Cas12a变体及其在基因编辑中的应用 202110578385.X

编辑书籍

1. 殷雷 “第29章：免疫信息学研究进展”，《免疫学及实验技术新进展》，2018，中华医学电子音像出版社

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