华大基因，在 《自然》增刊“2015 自然指数-科研合作”（Nature Index 2015 Collaborations Supplement）中，名列全球产业机构合作排名首位，在自然出版集团 2014 年发布的《2013 年亚太地区自然出版指数》 (NPI 2013 Asia-Pacific)中名列全球科研机构第八十七名、中国科研机构第五名，亚太地区科研机构第十七名。在《自然遗传学》和《自然生物技术》上的发表总数分别位列中国第二名和第四名。 2009 年 - 2013 年五年统计榜单上，华大基因凭借 73 篇论文继续保持中国科研机构第五位的排名，位列中国科学院、中国科技大学、清华大学和北京大学之后，且连续四年入选自然出版指数中国十大科研机构。
